Appel à candidatures pour le renouvellement du comité de démocratie sanitaire de l’Institut national du cancer

Le Comité de démocratie sanitaire est une instance de consultation permanente qui a pour objectif d’apporter l’expérience et l’expertise des usagers du système de santé et des professionnels de santé indispensables pour améliorer la qualité et la pertinence de la stratégie et des actions de l’Institut. Lieu de partage et de réflexion, il est étroitement associé aux travaux phares de l’Institut. Si vous souhaitez rejoindre le Comité de démocratie sanitaire, n’hésitez pas à candidater ! Vous pouvez également relayer cet appel à candidatures si vous connaissez des personnes susceptibles d’être intéressées. 

📌 Pour avoir plus d’informations sur le Comité et ses modalités de travail, vous pouvez contacter Marie-Sophie Gannac, responsable de la mission Démocratie sanitaire msgannac@institutcancer.fr tél. 01 41 10 15 84.

👉 Pour candidater : https://bit.ly/39J315N. 

Le SiRIC Curamus organise mardi 5 avril 2022 un atelier COVID & Cancer pour échanger sur la vaccination et les traitements anti-COVID chez les patients atteints de cancer.

📌 Lieu :

Salle 510, Faculté de Médecine Sorbonne Université, 105 boulevard de l’Hôpital, 75013 Paris

💻 Zoom :

https://us02web.zoom.us/j/85964998965
ID de réunion : 859 6499 8965

 

Les 3 et 4 février 2022 se tiendront les Rencontres européennes de l’Institut national du cancer dans le cadre de la présidence française du Conseil de l’Union européenne. Cet évènement sera notamment marqué par des temps d’échanges et de restitutions d’initiatives autour de thématiques précises :

-La prévention des cancers

-Les cancers de mauvais pronostic

-Les cancers de l’enfant

-Cancer et emploi

-La coopération internationale en matière de lutte contre les cancers

 

👉 Programme de ces rencontres : https://rencontresinca.fr/sessions/

👉 Inscription : https://rencontresinca.fr/inscription/

Le SiRIC Curamus et l’Initiative Humanités biomédicales vous donnent rendez-vous le vendredi 8 et samedi 9 octobre au village des sciences pour l’édition 2021 de la Fête de la Science de Sorbonne Université !

 

Au programme de ces stands communs :

👉 matinées : sessions « speed-science » permettant aux scolaires et au grand public de venir directement discuter avec les doctorants et post-doctorants du SiRIC et de l’Initiative.

👉 après-midis : présentations de projets de recherche sous forme vulgarisée

👉 tout au long de ces deux journées : diffusion de vidéos de médiation scientifique sous forme de petit cinéma

 

Retrouvez le programme complet de cet évènement en cliquant ici.

MSICare is a computational tool for MSI phenotype detection with next-generation sequencing (NGS) data. The algorithm is based on the comparison of the reads distributions between normal and tumor samples.
Mononucleotide repeats (MNR) with a length ≥ 12 base pairs (bp) were considered for analysis only if they were covered by at least 20 mapping reads in both normal and tumor samples. The total number of reads covering each candidate MNR was then normalized (arbitrary value of 100) in tumor and matched healthy tissue. For each MNR, the normalized number of reads in healthy tissue was subtracted from the normalized number of reads in tumor tissue [∆Ratio = %Tumor-%Normal] to generate an MSI index (MSI signal, MSIg) corresponding to the sum of ∆Ratio values for all candidate MNR. The ∆Ratio value was then adjusted by estimating the tumor purity (TP) for each tumor sample, with the estimated TP corresponding to the median value of the MSI signal for all MNR with a length ≥ 14 bp covered by at least 30 reads in tumor and 20 reads in normal tissue. The adjusted value for ∆Ratio was then used to classify a given MNR as wild type (∆Ratio-adjusted = ∆Ratio x Estimated TP < 50%) or mutated (∆Ratioadjusted = ∆Ratio x Estimated TP ≥ 50%) given that observed microsatellite mutations can be either heterozygous or homozygous in primary tumor samples. Finally, the MSICare score for tumor samples corresponds to the percentage of microsatellites that were mutated amongst the total number of microsatellites analyzed using this approach.

If you used this tool for your work, please cite PMID 33992635 link

 

 

The _MSIcareScore_12_50percent.csv file reports the percentage of unstable loci as a cumulative score in the tumor and thus the MSI status.
The .res file contains detailed information on each microsatellites analysed.

 

Software request

 

Requirements

Generating a _dis file

To obtain the input of the main script you need to run MSIsensor

You first need to search the microsatellites in your reference genome
msisensor scan -d reference.fa -o microsatellites.list

Then you can obtain the coverage of the mononucleotide microsatellites of minimum length of 5 in the tumor and normal paired samples from sorted and indexed bam files.
msisensor msi -d microsatellites.list -n normal.bam -t tumor.bam -o output.prefix -p 5 -x 1 -f 10

In the folder given with -o you will find a file terminating by _dis that is the input of MSICare.sh

 

Software dependencies and installation

To run the main script MSICare.sh you need python2 and R (tested with version 3.5.2)
python libraries : numpy and pandas

R package : stringr

pip install numpy==1.16.3 pandas==0.24.2

R --vanilla -e "install.packages('stringr', repo='http://cran.univ-paris1.fr/')"

 

Usage

The script take 3 mandatory positional arguments and two optional one

MSICare.sh file_dis output_Directory path_to_scripts [ms_select] [diag]
file_dis : Path to the _dis output of MSIsensor.
           MSIsensor has to be run with specific parameters
           -p 5, -x 1 and -f 10 (for more details refer to the tool documentation)

outputDirectory : Path to the wanted output directory. Will be created if do not exist

path_to_scripts : Path to the folder containing the needed scripts

ms_select : Path to a file containing a list of microsatellites genomic positions  
(first two columns of MSIsensor scan output separated by a tabulation) to consider  
in computing the MSICare score.  
By default all microsatellites passing filters are used.
diag : By default the pipeline will launch the diagnostic part. (Default T)
If you don't need it set this parameter to F

 

Example

• Scan microsatellites from reference genome:

msisensor scan -d reference.fa -o microsatellites.list

 

• Extract MSI read count distribution:

msisensor msi -d microsatellites.list -n normal.bam -t tumor.bam -e bed.file -o output.prefix -p 5 -x 1 -f 1

 

• MSICare scoring:

MSICare.sh file_dis outputDirectory path_to_scripts [ms_select]

 

Contact

Starting at the beginning of 2021, a 2-year post-doctoral position funded by SIRIC Curamus is available at the Centre de Recherche des Cordeliers (team Cell Death and Drug Resistance in Hematological Disorders). Our group is located in the heart of the 6^th district in Paris and implicated the Biological and Clinical hematological services of the Pitié-Salpêtrière Hospital.

We are seeking a highly motivated open-minded young scientist to join a research program devoted to study the role of tumor microenvironment and resistance in B-cell lymphoid malignancies (Waldenström macroglobulinemia, chronic lymphocytic leukemia) in the context of CAR T-cell therapies. The project implicates already established collaborations with different teams, including clinical hematology and pathology departments, and the use of cutting-edge technologies (Hyperion and CyTOF mass cytometry, GeoMX Nanostring,…). This work will also involve genome-wide approaches.

Candidates with a PhD in onco-hematology and solid background in cellular and molecular biology are encouraged to apply. Experience in immuno-hematology, bioinformatics and/or flow cytometry will be a plus. The candidate should be fluent in English, expected to show independent thinking and ability to drive its own research, and willing to participate to the lab’s life (the project relies on constant interactions with other team members).

The applicant will benefit from a highly collaborative and diverse environment at the Centre de Recherche des Cordeliers/Pitié-Salpêtrière Hospital and from state-of-the-art technological platforms. Cordeliers is located in the center of Paris in a culturally and scientifically rich environment.

 

Salary based on experience (up to 70,000 € gross salary).

 

Interested candidates should send a CV, with a motivation letter and two references (email addresses) to:

Dr Damien Roos-Weil

email:  damien.roosweil@aphp.fr

 

Cell Death and Drug Resistance in Hematological Disorders

Centre de Recherche des Cordeliers (UMRS 1138)

15 Rue de l’École de Médecine

75006 Paris (France)

Pour commencer cette année 2021, le SiRIC Curamus organise son workshop en ligne mardi 12 janvier 2021 sur les thématiques phares qui orienteront ses futurs projets :

-le microenvironnement tumoral

-l’immunothérapie antitumorale et la médecine de précision

-l’intelligence artificielle en cancérologie

👉 Vous pouvez vous inscrire en cliquant ici

👉 Le programme :

 

Vous pourrez retrouver ces présentations, ainsi que des posters et des vidéos réalisées par des doctorants et post-doctorants, sur une plateforme virtuelle spécialement dédiée à cette occasion.

👉 Procédure pour déposer une présentation :