Centre de bioanalyse CURAMUS

L’une des missions du SiRIC Curamus est de favoriser l’intégration des plateformes bioinformatiques pour fournir une analyse multidisciplinaire des données de cancérologie autour du groupe hospitalo-universitaire AP-HP.Sorbonne Université.

Afin de répondre aux besoins croissants en bioinformatique, le Centre de bioanalyse du SiRIC CURAMUS a été créé en 2018 dans l’objectif de fournir un entrepôt de données unique partagé par tous les programmes CURAMUS et permettre l’interopérabilité entre la recherche SIRIC, la plateforme MOABI AP-HP et l’entrepôt de données AP-HP.

Cette recherche est menée par des chercheurs et des bioinformaticiens qui s’appuient sur l’utilisation des techniques de séquençage à haut débit permettant la caractérisation des anomalies génétiques, épigénétiques et génomiques des tumeurs.

Pour mener à bien ses travaux, le centre dispose de ressources propres en calcul et en stockage. En parallèle, un partenariat étroit a été mise en place entre le centre SiRIC Curamus et la plateforme MOABI AP-HP afin mettre en commun les expertises bioinformatiques et de disposer de ressources en calcul et stockage complémentaires à celle du centre.

Le centre est ouvert aux personnels de l’AP-HP.Sorbonne Université (biologistes, bio-informaticiens, post-doctorants, thésards) souhaitant bénéficier de ressources en calcul et d’un soutien méthodologique dans la réalisation de leur(s) analyse(s).

 

Contact :

vincent.jonchere[at]inserm.fr

 

 

Equipe

Responsables:

Pierre-Yves Boelle, PhD, MD, PU-PH, iPLesp

Vincent Jonchere, PhD, Ingénieur de Recherche, AP-HP

 

• Animateur de l’équipe

Vincent Jonchère – IR

Diplômé d’un Master en biologie du développement (Université François Rabelais-Tours), Vincent Jonchère a obtenu une thèse pour ces travaux portant sur le rôle des protéines utérines dans le transfert minéral et la calcification de la coquille chez la poule (INRA – Nouzilly). Il a ensuite effectué une première expérience post-doctorale à l’université de Liverpool portant sur la régulation  de la croissance tissulaire par les  protéines MRL (CRUK grant). Une deuxième expérience post-doctorale au sein du muséum d’histoire naturelle de Paris (MnHn-CNRS) lui a permis de travailler sur l’effet croisé des hormones thyroïdiennes et des glucocorticoïdes sur l’épigénome lors de la métamorphose des amphibiens. Depuis 2016, il a rejoint l’équipe « Microsatellite et cancers » où il étudie la génomique de ces cancers  par des approches à haut –débit. En plus de ces activités de recherche, Vincent Jonchère est en charge de la coordination du centre de bioanalyse.

 

• Assistants Ingénieurs et Techniciens

Coralie Gimonnet – IE

Coralie Gimonnet est titulaire d’un Master Génétique, Physiologie et Bioinformatique à l’université de Clermont pour ses travaux sur l’épissage alternatif dans un modèle drosophile de la maladie de Steinert. Elle a ensuite poursuivi sa carrière en intégrant l’INRA de Nouzilly où elle a travaillé durant 2 années sur le développement de pipelines bioinformatiques de données d’épigénétique (ChIP-Seq, BiSulfite-Seq). Depuis 2019, ses travaux au sein du programme neuro-oncologie du SiRIC  s’intéressent à caractériser la génétique et le développement des tumeurs cérébrales par  diverses approches bioinformatiques.

Maria Kondili  – IE

Diplômée du Master « Bioinformatique et Modélisation »  de Sorbonne Université, Maria Kondili a tout d’abord travaillé au Max Planck Institute de Frankfurt sur le développement d’un pipeline d’annotations de pics issus de ChIP-Seq. Elle a ensuite étudié l’acétylation de la marque d’histone H3K27ac chez les patients pré-diabetiques au centre de recherche des cordeliers. Depuis octobre 2019, elle étudie au sein du SiRIC, le lien entre l’instabilité microsatellitaire et l’immunité sur différentes localisations tumorales.

Quentin Letourneur  – IE

Quentin Letourneur a obtenu son master en bioinformatique (BIB) à l’université Paris Diderot pour son travail sur la reconstruction de génome en contexte métagénomique à l’Institut Pasteur. Il a rejoint le centre bioanalyse du SiRIC CURAMUS en 2019 et est en charge de la gestion du cluster de calcul et du développement des pipelines d’analyses bioinformatiques et biostatistiques des données génomiques.

 

• Étudiant

Toky Ratovomanana – Thèse 2018-2021

Diplômé d’un master de bioinformatique (Geniomhe) à l’Université Paris-Saclay pour ses travaux sur l’identification des mutations drivers chez des souris MSH2 Knock Out, Toky Ratovomanana poursuit actuellement un doctorat à Sorbonne Université dans le domaine de la génétique du cancer. Toky effectue sa thèse sur la génomique de l’instabilité des microsatellites au stade métastatique dans les cancers colorectaux.

 

 

 

Adresse

Hôpital Saint-Antoine

Bâtiment INSERM Kourilsky (2ème Étage)

184, Rue du Faubourg Saint-Antoine

75012 Paris

 

 

Publications récentes

Decamps C, Privé F, Bacher R, Jost D, Waguet A; HADACA consortium, Houseman EA, Lurie E, Lutsik P, Milosavljevic A, Scherer M, Achard S, Amblard E, Bacher R, Bergmann F, Blum M, Blum Y, Bottaz-Bosson G, Broseus L, Chuffart F, Decamps C, Devijver E, Durif G, Feofanov V, Houseman EA, Gallopin M, Jedynak P, Jonchere V, van de Geer E, Jumentier B, Kaoma T, Lurie E, Lutsik P, Markowski J, Melnykova A, Merlevede J, Nazarov P, Nguyen NH, Permiakova O, Privé F, Richard M, Rolland M, Scherer M, Spill Y, Blum MGB, Richard M. Guidelines for cell-type heterogeneity quantification based on a comparative analysis of reference-free DNA methylation deconvolution software. BMC Bioinformatics. 2020

Jonchere V, Marisa L, Greene M, Virouleau A, Buhard O, Bertrand R, Svrcek M, Cervera P, Goloudina A, Guillerm E, Coulet F, Job S, Ayadi M, Elarouci N, Armenoult L, Merabtene F, Sylvie Dumont S, Parc Y, Lefèvre J, André T, Jean-François Fléjou JF, Agathe Guilloux A, Ada Collura A, De Reyniès A et Duval A. Analysis of both positive and negative selection leads to the identification of driver gene mutations associated with colorectal cancer with microsatellite instability. CMGH. 2018

Marisa L, Svrcek M, Collura A, Becht E, Cervera P, Wanherdrick K, Buhard O, Goloudina A, Jonchere V, Selves J, Milano G, Guenot D, Cohen R, Colas C, Laurent-Puig P, Olschwang S, Lefèvre JH, Parc Y, Boige V, Lepage C, André T, Fléjou JF, Dérangère V, Ghiringhelli F, de Reynies A et  Duval A. The Balance Between Cytotoxic T-cell Lymphocytes and Immune Checkpoint Expression in the Prognosis of Colon Tumors. Journal of the National Cancer Institute. 2018

Rosenberg S, Simeonova I, Bielle F, Verreault M, Bance B, Le Roux I, Daniau M, Nadaradjane A, Gleize V, Paris S, Marie Y, Giry M, Polivka M, Figarella-Branger D, Aubriot-Lorton MH, Villa C, Vasiljevic A, Lechapt-Zalcman E, Kalamarides M, Sharif A, Mokhtari KM, Pagnotta SM, Iavarone A, Lasorella A, Huillard E, Sanson M. A recurrent point mutation in PRKCA is a hallmark of Chordoid Gliomas. Nat Commun, 2018.

Labreche K, Kinnersley B, Berzero G, Di Stefano AL, Rahimian A, Detrait I, Marie Y, Grenier-Boley B, Hoang-Xuan K, Delattre JY, Idbaih A, Houlston RS, Sanson M. Diffuse gliomas classified by 1p/19q co-deletion, TERT promoter and IDH mutation status are associated with specific genetic risk loci. Acta Neuropathol. 2018.